На 23 юли 2019 г., два граждански самолета, Airbus A321-200-211, регистрационни знаци G-TCDG, позивна TCX1NB и Boeing 737-800-8FN, регистрационни знаци OK-TVM, позивна TVS3729, летят в контролираното въздушно пространство на Република България, под контрола на сектор VBL. В 08:30:55 h ЕВС с регистрационни знаци G-TCDG, изпълняващ чартърен полет Лондон (EGKK) - Бургас (LBBG) започва снижение до FL150 в посока КНТ ESENA след издадена инструкция на РРП от сектор VBL. В 08:31:43 h, EВС с регистрационни знаци OK-TVM, изпълняващ чартърен полет Варна (LBWN) – Нант (LFRS), започва набор до FL 220 в посока КНТ AMTOV след издадена инструкция на РРП от същия сектор VBL.
В 08:31:02 h, MTCD (Medium Term Conflict Detection) на Автоматизираната система SATCAS открива потенциален конфликт на траекториите на TCX1NB и TVS3729, който се изобразява автоматично като червена точка в нулевия ред на етикета на двете ВС на работната позиция на сектор VBL.
В 08:35:50 h, SATCAS генерира визуална индикация в червен цвят на екрана на работната позиция на сектор VBL и звуково предупреждение за краткосрочен конфликт (STCA) между самолет TCX1NB, пресичащ FL209 в снижение и самолет TVS3729, пресичащ FL206 в набор.
РРП издава серия от закъснели инструкции за раздалечаване на въздухоплавателните средства.
На борда на самолет с позивна TCX1NB сработва системата TCAS в режим RA и генерира команда CLIMB. ЕВС прекратява снижението и преминава в набор на височина с необходимата вертикална скорост за безопасно разминаване.
На борда на самолет с позивна TVS3729 системата TCAS не сработва в режим TCAS RA и екипажът изпълнява инструкциите на РРП.
В 08:36:02 е нарушена минималната норма за радарна сепарация, като най-близка точка на сближение между двата самолета е достигнала 2.87 NM хоризонтално и 800 ft вертикално.
На 25.02.2020 г. лек самолет „Tecnam P2006T” с регистрационни знаци LZ-TMH, собственост на Agrofermer Ltd, изпълнява полет от летателна площадка LBDB до летателна площадка LBSW. Около 11.45 ч LT (9:45 h UTC) екипажът в състав двама пилоти – инструктор и обучаем, изпълнява подход за кацане на ПИК 11 с последващо ниско прелитане над пистата. След прибиране на колесника самолетът внезапно губи скорост, рязко се снижава и се сблъсква със земята. Вследствие на удара въздухоплавателното средство е със значителни повреди. Двамата пилоти са без наранявания.
На 26 януари 2019 г. Airbus A320-232, регистрационни знаци G-EUUL, експлоатиран от авиационен оператор “British Airways PLC” се подготвя за полет от София (LBSF) за Лондон (EGLL). След завършване на предполетно наземно обслужване самолетът се избутва с влекач от местостоянка № 3 на частично покрита с лед и сняг към пътека за рулиране. По време на избутването двигателите на самолетът се извеждат в режим „земен малък газ“. На заледения участък самолета започва да се движи бавно напред и се сблъсква в изтикващия влекач. Повредени са носовата стойка и входното устройство на гондолата на двигател № 2 на ВС. Нанесените повреди на ВС не позволяват изпълнението на полета. ЕВС, пътниците и наземния технически състав не са получили наранявания. Изпълнението на полетната задача е прекратена, а пътниците са върнати на терминала.
На 25.01.2020 г., свръх лек самолет „Pipistrel Virus SW”с регистрационни знаци LZ-TAB, собственост на български гражданин, изпълнява развлекателен полет от летателна площадка Драгановци до летателна площадка Бъзън. Около 12:55 h след кацане на ПИК 34, след опиране, ВС губи посоката в първата част на пистата, напуска я в дясно направление, преминава около 50 m и се удря в дървета. Вследствие на удара самолетът се завърта надясно около надлъжната си ос и се удря в земната повърхност. Пилотът и пътникът, намиращи се на борда получават сериозни наранявания. Самолетът е разрушен.
На 18.07.2017 г пътнически самолет Airbus A320-232, регистрационни знаци SX-ORG, на гръцкия АО „ORANGE2FLY“, изпълнява за чешкия АО „Smart Wings“ редовен чартър под полетен номер TVS1482 по маршрут Бърно (LKTB) – Бургас (LBBG). По време на финалния подход за кацане на ПИК 04, на височина 1292 ft се появява сигнализация “Green Hydraulic Low Level” поради изтичане на течността на зелената хидросистема в атмосферата, последвано от “Green hydrdraulic pressure failure” на 740 ft. При изтъркалването след опиране, ВС губи посоката в средната част на пистата, неуправляемо я напуска в дясно направление и спира в мекия грунд между ПИК и перона. Всичките 179 пътници и 6-членен екипаж без наранявания слизат от борда по мобилни стълби. Самолетът е с повреди по колесника и двигател № 1. Задействан е аварийно-спасителният план на летище Бургас, което с NOTAM остава затворено за излитане и кацане за 3 часа и 27 минути. През това време пристигащият трафик е отклонен към резервни летища в България и в съседни държави.